尼崎市は戦後、市民の食生活を満たすため水産・青果を一体とする総合卸売市場建設の必要に迫られ、従来の尼崎市中央魚菜市場（昭和25（1950）年6月開場）を廃止し、新たに中央卸売市場法に基づく生鮮食料品総合卸売市場を開設するため、昭和27（1952）年4月11日農林大臣の認可を受けた。

翌昭和28（1953）年11月8日から中央卸売市場として業務を開始し、その後も逐次、施設の充実や業務の指導などに努めるとともに、常に新鮮な食料品の供給に努め、業績は以前をはるかにしのぐに至った。その間、工業都市として躍進を続ける市勢は人口50万人を超え、それに並行して集荷も増加し、買出人等による混雑が顕著になった。そこで市場敷地並びに施設の狭隘による市場機能の麻ひ状態を打開するため、昭和39（1964）年から3か年計画で敷地において6倍、約6万㎡の現在地に近代的な新市場を建設することとなった。

昭和42（1967）年10月2日、近隣各都市100万人の台所を満たすべく期待を担って新市場での業務を開始した。

開場以来、取扱高は希有の伸びを呈し、翌昭和43（1968）年には取扱量が約10万トンになった。特に水産物では前年に比べ3倍強、約12,000トンの取扱実績をあげた。

こうした増加によってもなお完全には需要を満たせないため、昭和44（1969）年に水産仲卸売場20店舗を増設、昭和46（1971）年には近郷軟弱野菜卸売場を増設、昭和47（1972）年には冷蔵庫2,000トンを増設するとともに、その屋上に53台収容の特設駐車場を設置した。

また、昭和56（1981）年度から10か年計画で施設の改良を図り、昭和57（1982）年から昭和58（1983）年6月にかけては卸売場、加工場、倉庫、屋上駐車場などを建設し、昭和62（1987）年から昭和63（1988）年にかけて冷蔵庫エレベータの改修、汚泥脱水処理施設の建設、バナナ発酵庫などの改築を行った。

さらに、平成8（1996）年度には、汚水管整備工事を行い、また、増えつづけている発砲スチロール容器の処理を図るため、場内に減容機システム機器を設置し、リサイクルに役立てるとともに、平成13（2001）年度には、市場機能を高めるため、青果部卸売場に低温卸売場を4か所設置し、生鮮食料品の鮮度維持に努めている。

そうした中、平成15（2003）年11月には、開設50周年を迎え、記念式典及び農林水産大臣等の表彰を行った。

しかし、近年における卸売市場をめぐる環境の変化を受けて、平成16（2004）年6月、卸売市場法が一部改正され、翌平成17（2005）年に公表された国の中央卸売市場整備計画において、中央卸売市場の適正配置の観点から、全国の中央卸売市場のうち本市場を含む10市場が再編基準に該当し、5つの再編方向が示された。これに伴い、市場内業者を中心に設置した再編検討委員会において、地方卸売市場への転換を決定した。そして、平成18（2006）年12月に開催された尼崎市議会定例会において、尼崎市公設地方卸売市場業務条例を上程、可決されるとともに平成19（2007）年3月2日、兵庫県知事の許可を受け、同年4月1日から、公設地方卸売市場に転換した。

平成19（2007）年4月25日には、市場における業務及び売買取引の運営、施設の管理その他市場の運営に関する重要な事項を調査、審議する機関として、尼崎市公設地方卸売市場運営委員会を設置し、生鮮食料品等の生産や流通及び消費に関する学識経験を有する者及び卸売業者等市場内関係者15人以内の委員により、食の安全・安心の確保と流通環境の変化に対応した阪神地域の地域拠点市場づくりや今後の市場のあり方について検討を行っている。

平成25（2013）年2月、市場運営委員会より、今後の市場のあり方について、「市場の経営力強化に向けて市場関係者が一体となった取組みを展開すること」、「場内事業者の受益と負担の均衡を図りながら必要な施設整備を円滑に推進すること」と提言を受けた。同年は開設60周年を迎え、11月13日に記念式典を開催、市場運営に功労のあった関係者に対し、県知事感謝状、市長表彰の贈呈を行った。同年、12月31日に青果部卸売業者が経営不振を理由に操業を停止したことを受け、翌平成26（2014）年1月から市場機能を確保するための暫定措置として、開設者である市が旧業務条例第49条第2項に基づく、卸売の業務の代行を実施することとし、その実務を尼崎青果卸売協同組合に委託するとともに、後任となる青果部卸売業者の入場に向けた取り組みを行うこととなった。これにより、今後の市場のあり方検討は、中断することとなった。

平成27（2015）年3月に、後任青果部卸売業者としての入場について要請を行ってきた神戸市中央卸売市場本場の神果神戸青果株式会社より、同年秋頃に入場する旨の回答を得られたため、入場に向けた調整・事務手続を進めるとともに、卸売の業務の代行については同年4月より、同社へ委託することにより実施し、同年11月に青果部卸売業者として神果神戸青果株式会社尼崎支社が入場した。なお、今後の市場のあり方の検討は、まずは、青果部の業績回復を優先することとし、再開には至らなかった。

その後、平成29（2017）年9月30日に、水産物部卸売業者が撤退することとなった。「総合市場」としての機能回復を図るべく、市場関係者と連携し、後任卸売業者の入場に向けた取り組みを行うこととなった。

令和元（2019）年7月に、後任水産物部卸売業者としての入場について要請を行ってきた株式会社一光園より、同年秋頃に入場する旨の回答を得られたため、入場に向けた調整・事務手続を進め、同年10月に水産物部卸売業者として株式会社一光園が入場した。また、水産物部卸売業者の入場が決定したことから、今後の市場のあり方の検討作業を再開した。

令和2(2020)年3月、卸売市場法の改正（同年6月施行）に伴う本市場業務条例を改正した。また同月、今後の市場のあり方検討の方向性を示す基本方針を策定した。なお、同年1月以降、新型コロナウイルス感染症が世界的大流行（パンデミック）となり、国の緊急事態宣言により家庭内需要が増加した一方、人流抑制や飲食店の営業自粛の要請により業務用需要が減少するなど、社会経済や生活形態の変化を余儀なくされ、本市場もその影響を受けた。

令和4 (2022) 年には、エネルギー価格の急騰等を背景に物価全般が高騰し、消費者の節約志向なども本市場の取扱高に影響した。

令和5 (2023) 年には、開設70周年を迎え、同年11月21日、市場運営にご尽力いただいた場内事業者への感謝と敬意を表する機会として、感謝状贈呈式を実施し、また、同年12月3日には、『冬の味覚祭り2023』を開催した。

令和6（2024）年には、『今後の市場のあり方』検討について、同年3月に市場の再整備を担う事業者の募集に係る公募要件等の案をまとめ、翌月に公表し、再整備（ハード）事業として進めることとした。同年7月に市場再整備を担う事業者を公募したが、同年10月末の期限までに参加表明がなかった。その後、不参加理由の調査・分析等を行い、令和7（2025）年4月以降、公募・選定プロセスの再開に向けた取組を開始することとしている。